Den medeltida kyrkan i Mynämäki hör till de mäktigaste på landsbygden. Det särpräglade med den är den massiva tornbyggnad som planerades i västra änden. Gravmonumentet över Henrik Fleming och hans hustru Ebba Bååt i kyrkans kor är ett av de främsta exemplen på barockens skulpturkonst i Finland. Kyrkbyn i Mynämäki ligger mitt i odlingsbygden vid Mynäjoki.
Kyrkan är en ovanligt stor hallkyrka. Sakristian i norra väggens östra ände är äldre än långhuset. Korgaveln saknar tegeldekor, och korfönstret är tredelat. Sidoväggarna är indelade av strävpelare. Tornfoten i västra änden är nästan lika bred som långhuset och når upp till dess murkrön, och den täcks av samma yttertak som långhuset.
Den treskeppiga kyrksalen med fem travéer har kraftiga fyrkantiga pelare och korsvalv av samma höjd. Mittskeppet är smalare än sidoskeppen. Till de medeltida inventarierna hör altarbordets kalkstensskiva, en dopfunt av kalksten samt ett stort antal medeltida skulpturer och delar av ett antemensale. Från stormaktstiden kommer predikstolen och det tvådelade gravmonumentet i sandsten över Henrik Fleming (död 1650) och hans hustru Ebba Bååt.
Monumentet skildrar det jordiska livets förgänglighet, och till det hör ett stort epitafium. Kyrkogården kantas av en kallmurad stenmur. Prästgården i Mynämäki ligger öster om kyrkan vid Mynäjoki. Prästgårdens nuvarande huvudbyggnad är från 1866.