Stenkyrka, medeltida. Man har försökt fastställa kyrkans ålder sedan slutet av 1800-talet. I början av 1900-talet daterades kyrkan till 1300-talet. Enligt de senaste undersökningarna hör den till de kyrkobyggnader som uppförts strax före 1400-talet (Sand 2007). Mynämäki medeltida kyrka är en av de mäktigaste på landsbygden, dess specialitet är den massiva tornbyggnad som planeras i västra änden.
Begravningsminnet av Henrik Fleming och hans hustru Ebba Bååt är ett finare exempel på skulpturkonst i barocken i Finland. Kyrkan är en ovanligt stor hallkyrka, sakristian som är äldre än stomrummet ligger i den östra änden av norra väggen. Fönstren, som består av sidoväggar, har ursprungligen varit smala och höga parfönster, som senare har slagits ihop till ett enda ljusöppningsfönster.
I västra änden finns en nästan bred ramsal med en tornfot på dess platta sida som ligger under ett enhetligt vattentak. I vapenrummet finns dörrar i östra och västra väggen, i södra väggen har det funnits en så kallad yttre prediksvärm. Den treskeppiga och femtraveiska kyrksalen har stora fyrkantiga pelare och platta korsvalv.
Mellanskeppet är smalare än sidoskeppen. Den södra portalen och dörröppningen till sakristian har många olika tegelstenar. Den medeltida artefakten består av altarbordets kalkvivel, den kalksteniga dopbassängen samt ett stort antal medeltida skulpturer och delar av antemsalen. Från 1600-talets stormaktstid härstammar troligen en predikstol skänkt av Henrik Fleming, troligen från den estniska Ludert Heismanverkstaden, Henrik Fleming (död 1650) och hans hustru Ebba Bååts sandstensliknande tvådelade gravminne från 1632.
Den åtföljs av en stor epitaf av timmerhuggaren Tobias Heintzen 1624 från Tallinn. I samband med grundreparationen (2010–2011) har man redan för andra gången grävt fram medeltida målningar som tidigare varit övertäckta. Emil Nervander tog 1897 fram de flesta av dessa målningar i kyrkväggar och valv, men han sade att de inte var av tillräckligt hög kvalitet för att restaureras.
När målningarna hade kopierats genom kalkning, målades de åter över. De personmålningar i mittvalvet som visades 2011 lämnades som sådana, autentiska.